Sau khi nước Nhật đầu hàng vào cuối Chiến tranh thế giới thứ hai ở Châu Á, Quân đội Hoa Kỳ nắm giữ mọi quyền hành chính tại Nhật Bản. Lục quân và Hải quân Đế quốc Nhật Bản ngừng hoạt động, Quân đội Hoa Kỳ nắm quyền kiểm soát mọi căn cứ quân sự của Nhật Bản, cho đến khi một chính phủ mới có thể thành lập và có địa vị để tái lập chính quyền. Các lực lượng Đồng minh đã lên kế hoạch phi quân sự hóa Nhật Bản, tân chính phủ đã thông qua Hiến pháp Nhật Bản với điều khoản cấm vũ trang vào năm 1947.

Sau khi Chiến tranh Triều Tiên bùng nổ vào năm 1950, Douglas MacArthur, Tư lệnh tối cao của Lực lượng Đồng minh tại Nhật Bản và chính phủ Nhật Bản đã thành lập "Cảnh sát dự bị đội" (警察予備隊) mang tính bán quân sự, sau này được phát triển thành Lực lượng Phòng vệ Mặt đất Nhật Bản (JGSDF).

Năm 1951, Hiệp ước San Francisco được kí kết giữa các nước Đồng minh và Nhật Bản, đã khôi phục chủ quyền chính thức của mình. Đồng thời, Mĩ và Nhật đã kí kết Hiệp ước An ninh giữa Nhật Bản và Hợp chủng quốc Hoa Kỳ. Theo hiệp ước này, USFJ chịu trách nhiệm bảo vệ nước Nhật. Là một phần của thỏa thuận này, chính phủ Nhật Bản yêu cầu các căn cứ quân sự của Hoa Kỳ vẫn ở lại Nhật Bản và đồng ý cung cấp ngân quỹ, quyền lợi được quy định trong Hiệp định Địa vị. Khi hiệp ước này hết hạn, Hoa Kỳ và Nhật Bản kí tiếp Hiệp ước mới về Hợp tác & An ninh lẫn nhau. Địa vị của Lực lượng Hoa Kỳ tại Nhật được xác định trong Hiệp định Địa vị Nhật-Mỹ. Hiệp định này vẫn còn hiệu lực và là cơ sở cho chính sách đối ngoại của Nhật Bản.

Trong Chiến tranh Việt Nam, các căn cứ quân sự của Hoa Kỳ tại Nhật Bản, đặc biệt là ở huyện Okinawa, được sử dụng làm căn cứ hậu cần và chiến lược rất quan trọng. Năm 1970, vụ bạo động Koza bùng nổ, chống lại sự hiện diện của quân đội Mĩ trên đảo Okinawa. Các oanh tạc cơ chiến lược của Không lực Hoa Kỳ đã phải triển khai tại các căn cứ trên đảo Okinawa, nơi mà vẫn do chính quyền Mĩ quản lí. Trước khi hòn đảo được trao lại cho chính quyền Nhật Bản năm 1972, người ta đã suy đoán, nhưng chưa bao giờ xác nhận rằng: có thể có tới 1.200 vũ khí hạt nhân được cất giữ tại Căn cứ Không lực Kadena trên Okinawa trong những năm 1960.[3]

Tính đến năm 2013, có khoảng 50.000 quân nhân Hoa Kỳ đồn trú tại Nhật Bản, cùng với khoảng 40.000 quân nhân phụ thuộc và 5.500 thường dân Mĩ khác được Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ làm việc tại đây. Hạm đội 7 Hoa Kỳ đóng tại Yokosuka, huyện Kanagawa. Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến 3 (III MEF) đóng tại Okinawa. 130 chiến đấu cơ của Không lực Hoa Kỳ đóng tại Căn cứ Không lực Misawa và Căn cứ Không lực Kadena.[4]

Chính phủ Nhật Bản đã trả 217 tỉ yên vào năm 2007[5] dưới dạng hỗ trợ hàng năm của nước chủ nhà được gọi là Omoiyari yosan (思いやり予算 (Ngân sách cảm thông), Omoiyari yosan?).[6] Kể từ ngân sách năm 2011, khoản thanh toán đó không còn được gọi là omoiyari yosan hay "ngân sách cảm thông" nữa.[7] Nhật Bản bù đắp 75% chi phí cơ sở của Hoa Kỳ - tức 4,4 tỉ USD.[8]

Ngay sau trận Động đất và sóng thần Tōhoku 2011, 9.720 nhân sự phụ thuộc quân đội Hoa Kỳ và nhân viên dân sự chính phủ ở Nhật Bản đã sơ tán khỏi đất nước, chủ yếu là đến Mĩ.[9]

Việc di dời Căn cứ Không lực Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ Futenma đến Henoko đã được giải quyết vào tháng 12 năm 2013 với việc thống đốc Okinawa kí kết thỏa thuận đắp đất. Theo các điều khoản của thỏa thuận Mỹ-Nhật, 5.000 lính thủy đánh bộ Mĩ chuyển đến Guam và 4.000 lính thủy quân lục chiến Mĩ đến các địa điểm khác ở Thái Bình Dương như Hawaii hoặc Úc, trong khi khoảng 10 nghìn lính thủy đánh bộ thì ở lại Okinawa.[10][11][12][13][14][15][16] Không có lịch trình tái triển khai Thủy quân lục chiến nào được công bố, nhưng The Washington Post đưa tin rằng Thủy quân lục chiến Mĩ sẽ rời Okinawa ngay khi những cơ sở phù hợp trên đảo Guam cũng các nơi khác đã sẵn sàng.[13] Việc di dời dự kiến ​​sẽ tiêu tốn 8,6 tỉ đô la Mĩ,[10] bao gồm cam kết tiền mặt 3,1 tỉ đô la từ Nhật Bản cho việc chuyển sang Guam, cũng như để phát triển các phạm vi huấn luyện chung trên đảo Guam, Tinian và Pagan ở quần đảo Bắc Mariana.[11] Một số lô đất trên đảo Okinawa được quân đội Mĩ cho thuê để sử dụng được cho là sẽ chuyển trở lại quyền kiểm soát của Nhật Bản thông qua quá trình hoàn trả theo từng giai đoạn dài hạn theo thỏa thuận. Những cuộc trao trả này đã diễn ra kể từ năm 1972. Vào tháng 10 năm 2020, Căn cứ Lực lượng Thủy quân lục chiến Blaz được kích hoạt trên đảo Guam. Căn cứ mới này là nơi cư trú của TQLC được chuyển đến từ Okinawa, với kế hoạch tái định cư cuối cùng là vào năm 2025.[17]

Vào tháng 5 năm 2014, trong một sự chuyển hướng chiến lược của Hoa Kỳ sang Châu Á - Thái Bình Dương, có thông tin cho biết Mỹ đang triển khai hai máy bay không người lái giám sát đường dài Global Hawk phi vũ trang tới Nhật Bản, nhằm thực hiện các nhiệm vụ giám sát Trung Quốc và Bắc Triều Tiên.[18]